Det Kgl. Vajsenhus’ ledelse består af en direktion, der har det overordnede ansvar, et kuratel, der rådgiver og vejleder omkring de økonomiske forhold og en forstander, der har ansvaret for den daglige ledelse og for Det Kgl. Vajsenhus’ Forlag. Medlemmerne af direktion og kuratel udpeges af Hans Majestæt Kongen.
Direktion og kuratel mødes fire gange om året.